STIE Bulungan Tarakan merupakan peningkatan dari Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Tanjung Selor yang digagas oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Bulungan pada tahun 1980 di Tanjung Selor. Peningkatan jenjang program pendidikan yang diselenggarakan AMP Tanjung Selor yang kemudian berubah nama menjadi STIE Bulungan Tarakan dimulai pada tahun 1992 di Tarakan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 341/DIKTI/Kep/1992 tentang Perubahan Bentuk Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Tanjung Selor menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Tarakan sebagaimana diubah dengan Surat Keputusan Koordinator Kopertis XI atas nama Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan Nasional Nomor 1498/K11.A/KL/2011 tentang Perubahan nama Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Tarakan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Bulungan Tarakan. Nama Bulungan yang melekat pada Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi menunjukkan bahwa perguruan tinggi ini diprakarsai dan didirikan oleh Pemerintah Kabupaten Bulungan yang waktu itu masih membawahi beberapa kecamatan, termasuk Kotif Tarakan, Kecamatan Malinau, Kecamatan Nunukan, dan Kecamatan Tana Tidung, dan beberapa Kecamatan lainnya yang kemudian sudah berubah menjadi daerah otonom saat ini.

Sebagai salah satu Institusi pendidikan tinggi program akademik, STIE Bulungan Tarakan menyelenggarakan pendidikan Program Sarjana dengan beban 144 – 160 Satuan Kredit Semester (SKS) dan dapat diselesaikan dalam 4 (empat) tahun bagi mahasiswa yang berprestasi. Proses belajar mengajar di STIE Bulungan Tarakan didampingi oleh 40 dosen tetap dan dosen luar biasa dengan kualifikasi pendidikan Doktor dan Magister yang expert di bidangnya masing-masing.